Карл-Людвиг-Иоганн был сыном императора Леопольда II. По решению родителей из-за слабости здоровья должен был начать духовную карьеру, однако его родной дядя император Иосиф II определил племянника на военную службу. По традиции венского двора Карл-Людвиг-Иоганн в пятилетнем возрасте был назначен указом австрийского монарха командиром пехотного полка его императорского величества.
Лучшие военные педагоги Австрии преподавали будущему полководцу и эрцгерцогу военное искусство и военную историю, тактику и иностранные языки, многие другие науки. Уже в юности Карл-Людвиг-Иоганн стал подавать большие надежды на военном поприще.
Своё первое боевое крещение он получил в сражении при Жемаппе 6 ноябре 1792 года. Под этим селением в ходе французских революционных войн на бельгийской территории столкнулись австрийские войска под командованием эрцгерцога Альберта Саксен-Тешенского и французы под командованием генерала Ш. Дюмурье. Австрийцы занимали сильные позиции на высотах Жемаппа, но атакующий противник сумел выбить их оттуда. Так Карл-Людвиг-Иоганн впервые познакомился с французским военным искусством и с тем противником, которому ему предстояло противостоять долгие годы.
В следующем году противники сошлись вновь в сражении при Альтенховене (Альденговене). В той битве Карл-Людвиг-Иоганн командовал кавалерийским полком, действия которого во многом способствовали победе австрийской армии под знамёнами принца Кобурга (Кобургского). Он прославился в военной истории как соратник великого русского полководца А.В. Суворова в сражениях против турок при Фокшанах и на реке Рымник. Французские республиканские войска генерала Ш. Дюмурье были наголову разбиты. В той войне Австрии против Франции принц Кобург оказался для Карла-Людвига-Иоганна хорошим учителем.
Будущего эрцгерцога готовили не только к военной, но и государственной карьере. В 1794 году молодой Карл-Людвиг-Иоганн был назначен губернатором Нидерландов, одновременно оставаясь военачальником в австрийской действующей армии принца Кобурга. Однако пребывание на губернаторском посту оказалось недолгим.
В войне против армии революционной Франции австрийский главнокомандующий стал совершать одну ошибку за другой. Губернатор Нидерландов открыто выразил своё негодование по этому поводу, и принц Кобург рассорился с ним. В итоге молодому губернатору пришлось покинуть Нидерланды и возвратиться в Вену. Здесь он продолжал совершенствовать своё образование под руководством опытного генерала Линденау.
Долго быть «в отставке» Карлу-Людвигу-Иоганну не пришлось. Мужская половина венской императорской фамилии традиционно несла на своих плечах бремя многочисленных войн. Франция, наряду с Оттоманской Портой, была историческим военным противником Вены.