Апраксин рассчитывал, что появление корабельного флота заставит противника освободить проход для гребных судов под берегом. Именно на таком плане настаивал царь. Но у генерал-адмирала появилась другая идея: в штиль попробовать на веслах со стороны моря обогнуть неприятеля. Прибывший к Гангуту Петр первоначально решил построить переволоку, чтобы по суше преодолеть перешеек. Однако шведский адмирал Ватранг выслал к другому концу переволоки шхерную эскадру шаутбенахта Эреншильда, а эскадру Лиллие направил для атаки галерного флота. Наступивший штиль позволил привести в исполнение план Апраксина: пока Лиллие не вернулся, две группы галер прорвались мимо Ватранга со стороны моря и заблокировали Эреншильда, а когда шведские эскадры соединились и стали мористее, следующим утром в штиль и туман под берегом прошли остальные галеры; только одна из 99 села на мель и досталась шведам. Прорвавшиеся суда в жарком бою взяли в плен суда Эреншильда. Галеры прошли на запад, овладели Аландскими островами, и шведам пришлось отойти, чтобы защитить подступы к столице. Флот получил возможность угрожать неприятельским берегам.
Апраксину приходилось, оправдывая высокое звание генерал-адмирала, то руководить корабельным флотом, то вести галеры. Все больше адмирал становился не только администратором, но и флотоводцем. В 1715 году он командовал корабельным флотом, плававшим в Финском заливе, следующим летом водил гребную флотилию, которая набегами на шведские берега отвлекала неприятеля от намеченного союзниками десанта в Швецию.
Высадка не состоялась, и приходилось рассчитывать на свои силы. Отечественный флот постепенно обретал силу и опыт. Уже в 1715—1716 годах посланные Апраксиным отряды каперов захватывали неприятельские суда. Длительные крейсерства всего флота под флагом генерал-адмирала в 1717—1718 годах помогли морякам набраться знаний, мужества, научили стремлению добиваться победы. Первой победой молодого русского корабельного флота в открытом море стало Эзельское сражение 24 мая 1719 года, в котором эскадра Н.А. Синявина захватила все три шведских боевых корабля.
С усилением флота потребовалось реорганизовать его управление. В 1717 году была основана Адмиралтейств-коллегия, составленная из опытных флагманов. Ее президентом заслуженно стал Ф.М. Апраксин. В 1720 году он вновь водил галерный флот в Ботнический залив. Русские гребные суда совершали набеги на берега Швеции, тогда как флот корабельный продолжал крейсировать и высадил десант на остров Эланд. Англия, встревоженная усилением российского флота, прислала в Балтийское море сильную эскадру, но та не смогла воспрепятствовать русским демонстрациям. Так же произошло и в следующем году, только сам генерал-адмирал не ходил с галерами, а командовал корабельным флотом.
Лишившись надежды на союзников-англичан и способности к сопротивлению, под ударами русских десантов, разрушавших порты и заводы, теряя десятки судов, которые захватывали каперы, шведы пошли на переговоры и 30 августа 1721 года подписали Ништадтский мир, утвердивший Россию на берегах Балтики. Так как Ф.М. Апраксин заслужил уже все возможные награды, за огромные заслуги царь присвоил ему кайзер-флаг высшего морского должностного лица. Флотоводец впервые поднял этот флаг в 1722 году, когда командовал Каспийской флотилией в Персидском походе. Стареющему моряку не раз приходилось попадать в шторм. По возвращении с юга генерал-адмирал оставался во главе флота и часто выводил его в море для учений и демонстраций. После смерти Петра Великого он старался сохранить морскую силу России. Апраксин был близок к императрице и ее любимцу А.Д. Меншикову, получил орден Святого Александра Невского, а в 1726 году стал членом Верховного тайного совета, к которому перешла реальная власть в России. Придворные интриги мало занимали его. Ему вполне хватало дел на флоте. Когда из-за неосторожных шагов правительства возникла опасность войны с Англией, генерал-адмирал вел переговоры с командующим английским флотом, стоявшим у Ревеля, и готовил корабли. Его гибкая, но твердая позиция помогла избежать столкновения России с европейской коалицией.
Апраксин, последний из тех, кто начинал с Петром Великим создание российского флота, умер 10 ноября 1728 года. Похоронили генерал-адмирала в московском Златоустовском монастыре, где покоились его предки. Апраксин в свое время одаривал монастырь, в том числе трофеями, взятыми в Финляндии. До наших дней могила не сохранилась: в 1930-х годах храм разрушили, на его месте воздвигли жилые и административные здания. Ни памятник, ни табличка не напоминают о месте последнего упокоения одного из создателей российского флота, победителя на суше и на море, единственного, кто в полной мере оправдал звание генерал-адмирала.
Другие биографии: