Федор Матвеевич Апраксин был родственником Петра I и членом его ближайшего окружения, в которой стольник и учился делу вместе с царем, и кутил. В первую поездку на Белое море Петр поставил Апраксина воеводой Архангельска. Тот наблюдал за постройкой первых судов европейского типа и отправлял их с товарами за границу. Познакомившегося с судостроением стольника царь перевел в Воронеж, взял с собой в плавание к Керчи, а 18 апреля 1700 года поставил его во главе Адмиралтейского приказа, сняв провинившегося адмиралтейца Протасьева. В Воронеже Апраксин столкнулся с огромным объемом работ и еще большим беспорядком. Не хватало мастеров и матросов, материалов и оборудования, требовалось одновременно строить корабли и новые верфи, мастерские и заводы, порты и крепости для их защиты. Люди умирали от болезней в нездоровой местности. Наемные специалисты из разных стран ссорились. Нелегко было их мирить.
Ф.М. Апраксин руководил развитием Азовского флота почти самостоятельно. Адмирал Ф.А. Головин, загруженный внешнеполитическими вопросами, давал общие указания. Чаще писал и приезжал Петр I, но его интересы устремлялись к Балтике.
22 февраля 1707 года, после смерти Головина, царь назначил Ф.М. Апраксина адмиралом и президентом адмиралтейства.
Основные дела президента были на Балтике. Но не раз адмирала отправляли на юг, где возникала необходимость в его способностях и твердой руке. Он организовал оборону Воронежских верфей в дни восстания на Дону и вторжения шведских войск в Россию. В 1709 году флот готовился для поддержки армии, наступавшей к Дунаю. Неудача похода 1711 года и Прутский мир стали причиной гибели Азовского флота. По договору Азов вернули туркам, а Таганрог превратили в руины. Корабли, лишившиеся баз, частью пришлось продать туркам, частью уничтожить. Апраксину досталась тяжкая обязанность истреблять то, что он ранее создавал. Моряк не спешил выполнять турецкие требования, пока договор не был утвержден, а затем вернулся на Балтику и сосредоточил основное внимание на борьбе со шведами.
В командование Балтийским флотом Апраксин вступил еще весной 1707 года. На следующий год он возглавил и морские, и сухопутные силы в обороне Санкт-Петербурга. Весной 1708 года адмирал вывел в море флот, который вместе с батареями Котлина и Кроншлота преградил подступы к столице с моря. Эскадра под командованием К. Крюйса одним присутствием сдерживала неприятеля. Сам же Апраксин принял руководство на суше.
Начиная вторжение в Россию, Карл XII поставил задачу группам войск из Эстляндии и Финляндии с двух сторон напасть на Санкт-Петербург и вернуть берег Балтийского моря. Однако Апраксин с помощью партизанских отрядов остановил продвижение войска Либекера, шедшего от Выборга, разгромил двигавшийся с запада корпус. Страдавшим от недостатка продовольствия войскам Либекера не оставалось ничего иного, как эвакуироваться морем.
За спасение столицы царь возвел Ф.М. Апраксина в графское достоинство, произвел в действительные тайные советники и приказал выплачивать жалованье как генерал-фельдмаршалу. Ф.Ф. Веселаго считал, что именно с этого момента появился чин генерал-адмирала, равный генерал-фельдмаршальскому.
В 1710 году Апраксин руководил осадой Выборга. Русские войска под его командованием по тающему льду пересекли Финский залив и осадили крепость; когда же флот доставил подкрепления, Выборг пал. За ликвидацию постоянной угрозы Санкт-Петербургу генерал-адмирал получил орден Святого Андрея Первозванного и золотую шпагу, усыпанную бриллиантами. Но это были только первые шаги генерал-адмирала к славе. Ему пришлось строить крепость на Котлине — будущий Кронштадт, казармы, Толбухин маяк. Укрепив подступы к столице, можно было развивать наступательные действия.
Первоначально Петр I рассчитывал совместно с союзниками провести высадку в Швеции и принудить ее к миру. Так как датчане не торопились выполнять обязательства, царь решил самостоятельно воздействовать на шведов через Финляндию. В 1712 году Ф.М. Апраксин из Выборга довел войска до пограничной реки Кюмени, встретил сильные укрепления и осенью вернулся, ограничившись демонстрацией.
В результате этого похода родилась мысль, что укрепленную линию на реке можно обойти по морю. Весной следующего года основные силы Апраксин расположил на галерной флотилии, которая высаживала войска на берега, тогда как конница двигалась по суше. В эту кампанию удалось овладеть Гельсингфорсом (Хельсинки), Або и большей частью Финляндии. Шведы, разбитые войсками Апраксина при реке Пялкяня, отошли на север. Для нанесения удара по Швеции следовало провести в Ботнический залив галерную флотилию. Но в кампанию 1713 года галеры не пропустил королевский флот, стоявший у мыса Гангут. Корабельный флот России еще не обладал необходимым опытом, чтобы сразиться со шведским. Гребному флоту следовало прорываться в Ботнический залив без поддержки корабельного. Но когда Апраксин привел свои галеры к Гангуту в 1714 году, он вновь встретил там стоявший с весны шведский флот, который преградил проход через Гангутский плес.
