Фридрих Канарис родился 1 января 1887 года в деревушке Аплербек близ Дортмунда, в семье инженера, который со временем стал директором сталелитейного завода. Мальчик учился в гимназии, а 1 апреля 1904 года поступил в морское училище в Киле. Канарис был в числе лучших кадетов. Один из педагогов охарактеризовал его: «Весьма одарен в теории, прилежание железное». К концу учебы Канарис хорошо говорил по-английски, сносно по-французски и немного знал русский язык. В октябре 1907 года Канариса после экзаменов фенриком — кандидатом на офицерский чин определили на крейсер «Бремен», направленный к берегам Латинской Америки. 28 сентября 1908 года моряка произвели в лейтенанты. Он самостоятельно освоил испанский язык и стал помощником командира крейсера в дипломатических переговорах с латиноамериканскими правителями. За свои дипломатические успехи он 13 мая 1909 года получил от президента Венесуэлы орден Боливара V класса. Командир крейсера записал в аттестации: «Хорошая военная подготовка, умение ладить с людьми дополнены скромностью, послушанием и вежливостью».
В январе 1910 года лейтенанта перевели вторым вахтенным начальником на миноносец «V-162», но на учениях в Северном море он простудился после тропической лихорадки и полгода лечился на берегу. После возвращения Канарис вновь продемонстрировал способности, был аттестован как кандидат на должность командира эсминца и произведен в обер-лейтенанты.
В декабре 1911 года моряка назначили на крейсер «Дрезден». В 1913 году корабль располагался в Константинополе, к концу года вернулся в Киль и спешно, не завершив ремонта, был отправлен в Веракрус, где сменил крейсер «Бремен», возвращавшийся на родину. Экипаж крейсера помогал европейцам, покидавшим восставшую Мексику. Лично Канарису пришлось, пользуясь методами убеждения, доставить на борт свергнутого президента, генерала Гуэрта, чтобы вывезти его из страны. Но вернуться на родину после успешного выполнения задания не удалось: после начала Первой мировой войны крейсеру следовало действовать на коммуникациях противника.
Чтобы иметь достоверную информацию, Канарис наладил связь с агентурной сетью в Аргентине и Бразилии, которую создал еще в 1908 году, и стал получать по радио сведения об обстановке, которые помогли крейсеру перейти к устью Ла-Платы и потопить два судна. Когда вблизи оказались английские корабли, командир крейсера ушел на Тихий океан и присоединился к эскадре вице-адмирала Шпее. И его Канарис благодаря своим агентам оповещал о перемещениях противника. Используя эту информацию, Шпее 1 ноября 1914 года истребил английскую эскадру у Коронеля. Канариса наградили Железным крестом 2-й степени. 8 декабря в бою у Фольклендских островов быстроходному «Дрездену» удалось бежать лишь благодаря наступившей ночи. Крейсер ушел на Тихий океан, потопил еще одно судно, но без угля был вынужден зайти на чилийский островок и интернироваться. Однако подошедший к острову крейсер «Глазго», несмотря на нейтралитет Чили, потопил «Дрезден». Канарису пришлось вести переговоры с англичанами, выигрывая время для подготовки затопления крейсера.
Уцелевших членов экипажа чилийцы вывезли с острова и интернировали. Канариса тяготило безделье. В ночь на 3 августа 1915 года по согласованию с командиром он бежал и 4 октября прибыл в Гамбург. После краткого отдыха молодой офицер представил отчет о действиях «Дрездена», был произведен в капитан-лейтенанты и привлечен к организации разведки на Средиземном море. К началу 1916 года он создал агентурную сеть в главных портах Испании. На испанских верфях тайно строили суда для снабжения германских подводных лодок. Однако шпионаж Канарису все менее нравился, и он в сентябре 1916 года добился возвращения на флот. В октябре на подводной лодке моряк прибыл в Катарро и вскоре представил отчет о работе, высоко оцененный в Германии. Канариса наградили Железным крестом 1-й степени и направили для обучения на командира подводной лодки. Посланный на Средиземное море офицер сначала служил при штабе. 19 января 1918 года Канарис вышел в первый поход командиром U-34 и 18 февраля вернулся на базу с тремя победами. Способного офицера заметил сам кайзер. В мае Канариса вызвали в Германию для приема новой лодки. В конце августа 1918 года его U-128 вышла в Катарро. Однако после развала Австро-Венгрии в октябре германские базы в Катарро и Поле были взорваны, а подводные лодки 29 ноября вернулись в Германию.
После ноябрьской революции 1918 года Канарис стал адъютантом военного министра Г. Носке, участвовал в подавлении коммунистического выступления в Берлине и организации убийства К. Либкнехта и Р. Люксембург, а затем возглавлял «следствие» по этому делу. Он поддерживал связь между правительством и моряками, создавал отряды самообороны.
