Разгромленные в Венском сражении турки понесли большие потери. Были убиты шесть султанских военачальников-пашей. Победителям достались богатые трофеи, в том числе огромный лагерь врага. Союзники начали преследование турок, но с наступлением темноты Ян Собеский приказал прекратить его, опасаясь в ночи нарваться на вражескую засаду. В ставке великого визиря Кара-Мустафы было захвачено священное мусульманское Знамя Пророка, которое польский король приказал отправить в качестве почётного военного трофея в дар папе римскому Иннокентию XI. Победа в Венской битве стала вершиной полководческой карьеры короля Яна III Собеского и одной из самой ярких побед польского оружия в истории.
Австрийский император Леопольд I Габсбург, ревниво отнёсшийся к славной победе Яна III Собеского, проявил к подлинному спасителю Вены подчёркнуто крайнюю холодность. Тем не менее польский король к концу года освободил от турок часть северо-западных земель Венгрии, в том числе город Грац.
После победы в Венском сражении австрийская династия Габсбургов начала завоевание Венгрии, находившейся под номинальным турецким правлением. Однако сделать это своими силами она была не в состоянии. Тогда 31 марта 1684 года, по настоянию папы римского Иннокентия XI, против османской Турции была создана так называемая Священная лига. Первоначально она состояла из трех европейских государств — Священной Римской империи, Польши и Венеции. Все эти три страны часто воевали против Турции. В апреле 1686 года к Священной лиге присоединилась и Россия.
После пограничных столкновений союзники начали наступление на юг. Австрийские войска захватили город Белград и после победы над турками в сражении 1687 года при Надьхаршане (или при Харкане) распространили власть Вены на венгерские земли и часть Трансильвании. Мадьяры были вынуждены признать в Габсбургах наследных монархов Венгрии.
Карловацкий мир 1699 года был заключён уже после смерти польского короля Яна III Собеского. По его условиям Австрия получала всю Венгрию и Трансильванию, кроме Баната. К Венеции отходил Пелопоннес и многие земли Далмации. Польше возвращалась Подольская область. За Турцией оставались Белград и Хотинская крепость.
Вернувшись в Польшу, король-победитель в 1686 году заключил с Россией «Вечный мир», который не смог ликвидировать территориальные противоречия между двумя соседними государствами. Стремление Яна III Собеского ввести в Речи Посполитой наследственную монархию и превратить Польшу в централизованное государство натолкнулось на сильную оппозицию польских магнатов и противодействие западных соседей в лице Австрии и Бранденбурга.
Продолжение состояния войны Польши с Турцией вылилось в целый ряд пограничных столкновений в Подолии. Польские войска с большим трудом удерживали за собой украинские территории. Внутри самой Речи Посполитой не прекращались внутренние раздоры и интриги различных групп польских магнатов. Дела в государстве пришли в полное расстройство, и король Ян III Собеский был бессилен что-либо сделать. В такой обстановке прославленный победами над турками полководец ушёл из жизни.
